（1）HTML整形（以後ソースフォーマット）について

基本的にしましょう。
Dreamweaverには便利な「ソースフォーマットの適用」「HTMLのクリーンアップ」などがあります。Dreamweaverを使っている人は、この2つは最低でも適用しておきましょう。他のオーサリングソフトは使ったことがないのでわかりませんが、おそらく他のソフトでも似たような機能はあるかと思われます。
一番優秀だと思うのは、Macintoshのソフトで「JChecker（リンク先はOSX Ver」だと思います。Windowsのソフトでこれ以上優秀なタグチェック＆フォーマットしてくれるソフトはいろいろ探しましたが見つけれませんでした（むしろあったら教えて；；）。
残念ながらDreamweaverのフォーマット機能はあまり優秀ではありません。バグもどうもありそうな予感。フォーマットを適用するとテンプレートがどうのこうのとか、強制終了起きたり、readがなんちゃらなど、割と危険です。でもやるしかないので、強制終了覚悟でドキドキしながら使ってますｗ　ちなみに、<td>タグに関していまいち融通が利かないのです。どうやっても希望どうりにならない・・・。
また、インデントは半角スペースではなく、「タブ」にしましょう。半角スペースは見た目素人っぽいです。美しくありません。インデントの数も見にくいので、キッチリとした規則性を持ったインデントをつけることも困難です。メリハリを持ったインデントにする場合、半角スペースだといっぱい入れないといけないない＆プログラムやHTMLに対して悪さをする場合があります（なんとなくレイアウトがおかしいとか、変なデータが渡るなど、半角スペースが悪さしている場合があります）。
オーサリングソフトの設定も、「インデントはタブ！」と最初に設定しておきましょう。⇒実例参照（コメント記入例の下にあるソースが参考）

（2）コメントについて

プログラムで繰り返し表示をすることが多いリストなどは、フォーマットが適用されていないと、プログラマはとても困ります。どこからどこまでがひとつの括りで繰り返し表示させるのか・・・と考えなければいけません。しかしながら多種多様なプログラマがいるため、特にこういうコメントは要らないもしくは邪魔だから取ってというプログラマもいるので、一応どうするか一言相談するのもいいでしょう（プログラマ自身がコメント記入に対してこだわりがある方もいらっしゃるので）。
また、この繰り返し部分にコメントを入れ、<!-- ここから -->〜〜〜〜<!-- //ここまで -->と簡潔に記入しておきましょう。
あまり派手なコメント飾は控えて・・・・。⇒実例参照

最後に・・・管理者画面のHTMLはプログラムの一部といっても過言ではありません。
もちろん、画面をプログラマが自分で作ることもよくある話です。管理者画面は普通のWEBサイトではありませんので、とにかくプログラマよりで作成するのが原則だと思っております。